近未来、犯罪超人ジェノサイドが率いる悪党たちによって、地球には犯罪がはびこっていた。
悪を一掃するため、キャプテンコマンドーをリーダーとした勇敢な戦士たち「コマンドーチーム」が立ち上がる。